Герой картины капитан Колтер Стивенс однажды просыпается и понимает, что он не в Ираке, где должен бы находиться, а в одном из вагонов обычного поезда рядом с незнакомой девушкой, которую, оказывается, зовут Кристина и она ведет себя так, как будто знает Колтера длительное время. Чтобы как-то собраться с мыслями и успокоится, герой бежит в туалет вагона, но в зеркале он видит чужое лицо, а не свое. Снова встретив Кристину, Колтер узнает, что зовут его Шон, но он не успевает расспросить ничего подробного, так как в этот момент поезд сотрясает чудовищный взрыв.
Через некоторое время капитан приходит в себя в довольно странном месте, буквально напичканном техникой разного калибра. Люди, которые окружают его, представляются координаторами непонятного проекта «
Исходный код». Колтера вводят в курс дела, и он узнает, что поезд был взорван террористами, погибли все пассажиры, а вместе с ними и тот человек, в теле которого пребывал Колтер. Чтобы предотвратить следующий теракт герою придется еще не раз вернуться в этот поезд и попытаться понят, кто взорвал бомбу. Но Колтер кроме этого поставил перед собой цель спасти Кристину, хотя сделать это почти невозможно.